توضیحات:
پایان نامه کارشناسی ارشد شیمی
کاربردی با عنوان مدلسازی و پیش بینی فعالیت ضدسرطانی بنزو دی ایمیدازول و سینکسان
با استفاده از اصول QSAR در 74 صفحه با فرمت word
و قابل ویرایش
نکته:
این پایان نامه بصورت انحصاری فقط در این وبسایت به فروش می رسد.
چکیده:
علم روابط کمی فعالیت- ساختار
(QSAR)
به عنوان ابزاری برای بررسی خواص ساختاری ترکیب مورد توجه می باشد. اساس این روش در
واقع برقراری ارتباط میان فعالیت مشاهده شده و ویژگی های ساختاری مولکول ها می باشد.
روشهای گوناگونی می توانند در برقراری ارتباط کمی بین توصیف کننده های ساختاری و فعالیت
مورد استفاده قرار بگیرند.
ماشین بردار (SVM)
یکی از روشهای فراگیر و وابسته به ماشین است که به خاطر وسعت کارآیی آن مورد توجه قرار
گرفته است و کاربرد وسیعی در مطالعات QSAR پیدا کرده است.
در این تحقیق روش QSAR برای مدلسازی و پیش بینی فعالیت
ضدسرطانی بنزودی ایمیدازول و سینکسان استفاده شد. بعد از محاسبه توصیف کننده های مولکولی،
از روشهای رگرسیون خطی MLR و الگوریتم ژنتیک GA، برای انتخاب توصیف کننده های مرتبط با فعالیت
ضدسرطانی این ترکیبات به کار گرفته شد. سپس از SVM و رگرسیون خطی چندتائی MLR برای ساختن مدلهای غیرخطی و خطی رابطه کمی ساختار-
فعالیت استفاده شد.
مقایسه نتایج بدست آمده از
LS-SVR
، GA-SVM ، GA-MLR و MLR-MLR نشان داد که مدل LS-SVR به عنوان یک مدل غیر خطی نتایج
بهتری نسبت به سایر مدلها دارد.
مقدمه:
نیاز بشر به دارو های سنتزی
حیاتی
بیماری¬های مختلف سبب تهدید
جان افراد زیادی در سطح کره¬ی زمین است. بشر در جستجوی راهی برای مقابله با این بیماری¬ها
به طراحی، تولید و استفاده از دارو¬های سنتزی مختلف دست زد اما مشکل عمده در این روند
عدم آگاهی از تاثیر دارو¬ها قبل از سنتز آن¬ها است. در این سال¬ها تولید دارو-های جدید
بیش از یک میلیلارد دلار هزینه در بر¬دارد و هزینه¬ی روند تولید دارو روز به روز در
حال افزایش است [1]. در دهه¬های اخیر روش¬های تئوری استفاده شده، روند تولید دارو¬های
جدید را تسهیل و تسریع بخشیده است [2]. روش¬های تئوری برای آنالیز انواع زیادی از دارو¬های
ضد¬ویروس و داروهای ضد¬سرطانی (سرطان سینه، سرطان روده، سرطان کلیه و...) به¬کار گرفته
شده است [3]. به¬طور مثال تاثیرات ضد¬سرطانی ترکیباتی مثل بنزو¬ایمیدازول در مورد سرطان سینه آنالیز شده است، همچنین ترکیباتی
چون سینکسان نیز به منظور سرطان دهان آنالیز
شده است[4و 5].
در تحقیقات دارو¬های ضد¬سرطانی
تلاش¬های بسیاری برای درک روابط فعالیت- ساختار و طراحی دارو-های جدید بر¬اساس اصول
منطقی و دقیق انجام شده است. به¬هر¬حال توصیف کمی این روابط، همچنین مدل¬سازی و شبیه¬سازی
واکنش¬های دارو در بدن هنوز بسیار دشوار می¬باشد. این واکنش¬ها را می¬توان با توجه
به الگوی چربی¬دوستی، توزیع بار، دانسیته¬ی الکترون و الگوی قطبیت در سطح مولکول توصیف
کرد و ثابت شده است که انتقال و توزیع دارو درون سیستم بیولوژیکی
فهرست مطالب:
چکیده 1
فصل اول
مقدمه 2
1-1 نیاز بشر به داروهای سنتزی حیاتی 2
1-2 علم کمومتریکس 3
1-3 علم روابط کمی فعالیت- ساختار 6
1-3-1 تاریخچه ی علم روابط کمی فعالیت- ساختار 6
1-4 انواع روشهای QSAR 8
1-4-1 روش دوبعدی 8
1-4-2 روش سه بعدی 8
1-4-3 روش چهاربعدی 9
1-5 ماشین بردار پشتیبان 10
1-5-1 کاربرد ماشین بردار پشتیبان در محاسبات
مختلف 12
1-6 روش رگرسیون خطی چندگانه 14
1-7 اهمیت بررسی داروهای ضد سرطان 14
فصل دوم
روشهای پارامتری
2-1 مقدمه 16
2-2 مراحل محاسبات QSAR 17
2-2-1 جمع آوری و انتخاب مجموعه داده ها 17
2-2-2 رسم و بهینه سازی ساختار ترکیبات 17
2-2-3 انتخاب توصیف کننده ها و محاسبات مربوط
به آنها 18
2-2-3-1 توصیف کنندهه ای ساختاری 19
2-2-3-2 توصیف کننده های WHIM 20
2-2-3-3 توصیف کننده های PSA 20
2-2-3-4 توصیفکننده های 3D-MORSE 21
2-2-3-5 توصیف کننده های RDF 22
2-2-3-6 توصیف کننده های GETAWAY 23
2-2-3-7 توصیف کننده های هندسی 25
2-2-4 تجزیه و تحلیل آماری توصیف کننده ها و انتخاب
مناسبترین آنها 26
2-2-5 ایجاد مدلهای آماری 27
2-2-6 تجزیه و تحلیل مدلها از لحاظ آماری و انتخاب
مناسبترین مدل 28
2-2-7 ارزیابی قدرت پیش بینی و اعتبار مدل انتخاب
شده 29
2-3 نرم افزارهای به کار برده شده 30
2-3- 1 نرم افزار هایپرکم 30
2-3-2 نرم افزار گوسین 31
2-3-3 نرم افزار دراگون 32
2-3-4 نرم افزار SPSS 33
2-3-5 نرم افزار Matlab 33
فصل سوم
مدل سازی و پیش بینی فعالیت 35
3-1 مقدمه 35
3-1-1 آپوپتوزیس 35
3-2 بخش تجربی 37
3-2-1 انتخاب سری داده ها 37
3-2-2 محاسبه توصیف کننده ها 40
3-2-3 انتخاب توصیف کننده ها 40
3-2-4 مدل سازی و پیش بینی فعالیت با استفاده
از MLRو ماشین بردار پشتیبان 45
3-3 تجزیه و تحلیل توصیف کننده ها 53
3-3-1 توصیف کننده های موثر در مدل سازی بنزودی
ایمیدازول 53
3-3-2 توصیف کننده های موثر در مدل سازی سینکسان
54
3-4 نتیجه گیری کلی 56
پیشنهادات برای تحقیقات آینده 57
مراجع 58
فهرست جداول
جدول 2-1 داده¬های مربوط به ماتریس اثر مولکولی
کلروبنزن 24
جدول3-1 مشخصات ساختاری بنزودی ایمیدازول بهمراه
فعالیت تجربی آنها 38
جدول3-2 مشخصات ساختاری سینگسان بهمراه فعالیت
تجربی آنها 39
جدول3-3 مشخصات توصیف کننده های انتخاب شده جهت
مدل سازی بنزودی ایمیدازول 41
جدول3-4 مشخصات توصیف کننده های انتخاب شده جهت
مدل سازی سینکسان 41
جدول3-5 ماتریس همبستگی بین توصیف کننده های انتخاب
شده بنزودی ایمیدازول 42
جدول3-6 ماتریس همبستگی بین توصیف کننده های انتخاب
شده سینکسان 42
جدول3-7 مقادیر عددی توصیف کننده جهت مدل سازی
بنزودی ایمیدازول 43
جدول3-8 مقادیر عددی توصیف کننده جهت مدل سازی
سینکسان 44
جدول3-9 مقادیر پیش بینی شده P(GI50) بهمراه مقادیر تجربی و باقیمانده برای بنزو دی ایمیدازول
47
جدول3-10 مقادیر پیش بینی شده P(CI50) بهمراه مقادیر تجربی و باقیمانده برای سینکسان 48
جدول3-11 پارامترهای آماری مدلهای مختلف بدست
آمده بنزودی ایمیدازول 51
جدول3-12 پارامترهای آماری مدلهای مختلف بدست
آمده سینکسان 52
فهرست نمودارها
نمودار1-1 مراحل یک فرآیند تجزیه¬ای 5
نمودار1-2 روند روبه رشد مقالات وابسته به QSAR سه¬بعدی از 1988 تا 2007 9
نمودار2-1 زیر¬مجموعه های توصیف کننده¬ی هندسی
26
نمودار3-1 تغییرات فعالیت پیش بینی شده با مدل
LS-SVR بر حسب مقادیر تجربی بنزودی
ایمیدازول 49
نمودار3-2 باقیمانده مقادیر فعالیت پیش بینی شده
با مدل LS-SVR بر حسب مقادیر تجربی بنزودی
ایمیدازول 49
نمودار3-3 تغییرات فعالیت پیش بینی شده با مدلLS-SVR بر حسب مقادیر تجربی سینکسان
50
نمودار3-4 باقیمانده مقادیر فعالیت پیش بینی شده
با مدل LS-SVR بر حسب مقادیر تجربی سینکسان
50
نمودار3-5 نمودار میله ای پارامترهای آماری مدلهای
مختلف بدست آمده بنزودی ایمیدازول 51
نمودار3-6 نمودار میله ای پارامترهای آماری مدلهای
مختلف بدست آمده سینکسان 52
فهرست شکل ها
شکل 1- 1 تصویر شناسایی الگو¬های ارقام دست¬نویس 11
شکل 1- 2 جداسازی داده¬ها از یکدیگر توسط بردار
جداکننده¬ی ماشین بردار پشتیبان 11
شکل 1-3 تصویری شماتیک ازالگوریتم روش بینگتآئو
و همکارانش 13 شکل 2-1 تصویر ساختار سه¬بعدی یک مولکول به همراه نمایی از مساحت
سطح قطبی(PSA
21
شکل 2-2 شماره¬گذاری اتم¬های کلروبنزن 24 شکل 2-3 تصویر ابزارهای نرم¬افزار¬هایپرکم 30
شکل 2-4
تصویری از ترسیم مولکول فنول در نرم¬افزار هایپرکم. 31
شکل 2-5 تصویری از فرم اولیه¬ی نرم¬افزار دراگون. 33
شکل 3-1 ساختار پایه بنزودی ایمیدازول 39
شکل 3-2 ساختار پایه سینکسان 40
بدن تابعی از چربی¬دوستی و درجه¬ی تفکیک یا یونیزاسیون
ترکیبات دارویی است [6].
برچسب ها:
دانلود رایگان پایان نامه ارشد شیمی کاربردی پایان نامه ارشد شیمی کاربردی دانلود پایان نامه ارشد شیمی پروپوزال شیمی پروژه ارشد شیمی علم کمومتریکس انواع روشهای QSAR ماشین بردار پشتیبان روش رگرسیون خطی چندگانه اهمیت بررسی داروهای ضد سرطان